全转录组高通量测序&芯片数据生信分析研讨会日程

时间安排

课程表

介绍

第一周

周一

19:00~22:00

生信简介

生物信息介绍

高通量：测序及芯片介绍

非编码RNA的机制、调控模式（miRNA、lncRNA与circRNA）

经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。

非编码RNA的创新文献解读（含miRNA、lncRNA和circRNA）

TCGA数据库

NCBI GEO数据库

TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)

TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据）

GEO数据库介绍： 数据量最大的高通量公共数据库。

GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。

周三

19:00~22:00

TCGA相关的下载工具

TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、及临床信息数据的下载
TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。

非编码RNA数据库简介

miRNA 注释数据库（注释及序列下载）

lncRNA注释数据库（注释及名称转换）

circRNA注释数据库

第二周

周一

19:00~22:00

R语言基础

R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。

R语言基础：元素、向量、矩阵、数组

R语言函数：计算函数、统计函数等

R语言路径确认及修改

R语言文件（图、表）的导入和导出

R语言实战

R语言包：包的下载安装

R语言：差异分析limma包使用制作

周三

19:00~22:00

R语言实战

聚类热图制作

R语言pheatmap包做聚类热图

R语言ggplot2构建功能气泡图

基因功能分析

DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

通路map图构建

第三周

周一

19:00~22:00

生物网络分析

蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库

cytoscape软件（上）：网络图构建与美化

周三

19:00~22:00

生物网络分析

cytoscape软件（下）：插件使用

miRNA分析

1. 差异miRNA分析
2. miRNA-mRNA数据库（验证和预测结果）
3. miRNA与靶基因结合位点（MRE）分析
4. VENN图分析
5. 癌症的miRNA预后分析

第四周

周一

19:00~22:00

lncRNA分析

1. miRNA-lncRNA数据库
2. lncRNA-target分析
3. lncRNA参与的ceRNA分析
4. 共表达分析

circRNA分析

circRNA-seq高通量测序解读

1. miRNA-circRNA数据库
2. circRNA参与ceRNA的分析

周三

19:00~22:00

全转录组整合思路

ceRNA（竞争性内源RNA）的机制

ceRNA关系对分析

ceRNA网络构建

结尾

串讲