非编码RNA与外泌体研究策略及数据分析实战研讨会日程

理论部分（2个白天）

时间安排

大纲

详细内容

第一天

9:00-10:30

调控性非编码RNA简介

调控性非编码RNA概念及重要分类；

调控性非编码RNA的来源与生成机制。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

调控模式及研究意义

调控性非编码RNA的调控模式；

调控性非编码RNA研究意义。

12:00-13:30

午饭及午休

13:30-15:00

调控性非编码RNA常用研究技术（一）

表达谱芯片与RNA-seq数据分析

实时定量PCR；

Northern Blot；

原位杂交；

Knock down和Over-expression。

15:00-15:20

茶歇

15:20-17:30

调控性非编码RNA常用研究技术（二）

RNA-RNA、RNA-DNA、RNA-蛋白质等相互作用研究技术；

报告基因分析、ChIRP、RIP、RNA pull-down；

转录调控技术：ChIP、EMSA、Oligo pull-down、Run on、Run off。

第二天

9:00-10:30

调控性非编码RNA相关数据库介绍（一）

microRNA：miRbase、targetscan、mirtarbase、RNAhybrid等。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

调控性非编码RNA相关数据库介绍（二）

lncRNA：rbpdb、lncRNAdb、LNCipedia等 ；

circRNA：circBase、CircInteractome、circRNADb等。

12:00-13:30

午饭及午休

13:30-15:00

外泌体与调控性非编码RNA

外泌体概述

外泌体分离方法；

外泌体检测方法；

外泌体常用数据库；

外泌体与miRNA、lncRNA、circRNA研究案例分析。

15:00-15:20

茶歇

15:20-17:30

解读标书及答疑

解读并分享6份近三年非编码RNA（lncRNA，circRNA，外泌体）相关国自然标书；

现场答疑。

注意：理论部分为非编码RNA与外泌体研究策略、研究方法的详细讲解，可现场与讲师沟通课题思路等问题，但不涉及数据分析实操。

实操部分（四个晚上）

时间安排

大纲

详细内容

第一晚

19:00-20:20

基础简介

生物信息介绍

非编码RNA的机制、调控模式（miRNA、lncRNA与circRNA）

非编码RNA的创新文献解读（含miRNA、lncRNA和circRNA）

20:30-20:45

茶歇

20:45-22:00

数据库简介

NCBI GEO数据库解读

miRNA 注释数据库（注释及序列下载）

lncRNA注释数据库（注释及名称转换）

circRNA注释数据库

第二晚

19:00-20:20

miRNA分析

miRNA-seq高通量测序解读

差异miRNA分析

miRNA-mRNA数据库（验证和预测结果）

miRNA与靶基因结合位点（MRE）分析

VENN图分析

癌症的miRNA预后分析

20:30-20:45

茶歇

20:45-22:00

lncRNA分析

lncRNA-seq高通量测序解读

miRNA-lncRNA数据库

lncRNA-target分析

lncRNA参与的ceRNA分析

第三晚

19:00-20:20

circRNA分析

circRNA-seq高通量测序解读

miRNA-circRNA数据库

circRNA参与ceRNA的分析

20:30-20:45

茶歇

20:45-22:00

ceRNA分析

ceRNA（竞争性内源RNA）的机制

ceRNA关系对分析

ceRNA网络构建

第四晚

19:00-20:20

功能富集分析

lncRNA-mRNA共表达分析

miRNA功能分析（GO和pathway富集）

lncRNA功能分析（GO和pathway富集）

circRNA功能分析（GO和pathway富集）

20:30-20:45

茶歇

20:45-22:00

研究思路

miRNA高通量数据分析的创新思路

lncRNA高通量数据分析的常见思路

circRNA高通量数据分析的常见思路

注意：实操部分课程涉及课题设计思路讲解和大量软件实操。上课使用软件为Cytoscape和GSEA。