TCGA&GEO高通量数据挖掘分析实操强化研讨会

时间安排

课程表

介绍

第一天夜间

19:00-20:30

生信简介

生物信息介绍

高通量：测序及芯片介绍——不同组学：转录组学、基因组学、表观组学、顺反组学、宏基因组学等。

经典生信SCI文章的解读，了解TCGA数据库、GEO 数据库这些公共数据的挖掘获得创新结论并发文章的思路。

20:30-20:45

休息

20:45-22:00

TCGA数据库

NCBI GEO数据库

TCGA数据库：最全的癌症高通量数据公共库(简介)

TCGA数据库的介绍和使用（包含了转录组、基因组、表观组和临床信息数据）

GEO数据库介绍： 数据量最大的高通量公共数据库。

GEO数据库的高通量芯片数据查找、筛选、探针转换、差异分析等。

第二天上午

8:30-10:00

R语言学习

R软件与Rstudio软件下载、安装、界面。

R语言基础：元素、向量、矩阵、数组

R语言函数：计算函数、统计函数等

R语言路径确认及修改

R语言文件（图、表）的导入和导出

10:00-10:20

休息

10:20-12:00

R语言学习

R语言包：包的下载安装

R语言：差异分析limma包使用、火山图制作

12:00-13:30

午餐及午休

第二天下午

13:30-15:00

TCGA相关的下载工具

TCGA数据库癌症数据下载：RNA-seq数据、miRNA-seq数据、甲基化数据、基因组数据及临床信息数据的下载
TCGA数据书库癌症数据的处理，获得关键mRNA、miRNA的表达谱矩阵。

15:00-15:20

休息

15:20-17:30

TCGA相关的分析工具

TCGA数据分析——突变分析、差异分析、关联分析、生存分析、miRNA调控靶基因分析等。
Cbioportal数据库学习
R语言做生存曲线KM图（批量）

17:30-19:00

晚餐

第二天夜间

19:00-22:00

数据的后续高级分析工具实战

DAVID功能富集分析——GO富集和KEGG pathway富集分析

通路map图构建

聚类热图制作

R语言pheatmap包做聚类热图

蛋白与蛋白互作分析（PPI）——STRING数据库

第三天全天

8:30-12:00

数据的后续高级分析工具实战

cytoscape软件（上）：网络图构建与美化

cytoscape软件（下）：插件使用

GSEA软件的实操：全基因集富集分析

12:00-13:30

午餐及午休

13:30-16:00

思路讨论

基于GEO数据库多套数据整合（meta）分析思路演练

基于TCGA的lncRNA-miRNA-mRNA全转录组整合分析思路演练

基于TCGA的甲基化与转录组整合分析思路演练

基于TCGA的基因组与转录组整合分析思路演练

串讲

思路大串讲

备注：讲师使用windows10系统讲解，建议携带同样系统的电脑

上课软件为：Cytoscape，Heml，GSEA，R和Rstudio