单细胞测序数据分析及研究思路研讨会议程

第一天上午（理论）

9:00-10:30

单细胞测序技术与应用

1. 单细胞组学技术发展历程和原理介绍。

2. 单细胞测序技术在科研领域的应用。

3. 近年单细胞技术CNS文章思路解析。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

单细胞测序图标解读及思路

4. 单细胞文章常见图表解读。

5. 单细胞组学技术在癌症、发育、免疫及在植物等领域的研究内容及思路。

12:00-13:30

午餐及午休

第一天下午（实操）

13:30-15:30

Linux及R语言入门、软件安装

1. 常规基础Linux命令入门讲解及实操训练。

2. R语言简介及安装，RStudio的安装及使用说明。

3. R语言语法介绍及常用命令。

15:30-15:45

15:45-17:00

R语言数据处理实操

4. 数据处理功能及统计应用。

5. R语言画图实操：tSNE，小提琴图，热图，网络图，GO、KEGG富集图，GSEA等图形绘制。

17:00-18:00

晚餐及休息

第一天晚上（理论）

18:00-21:00

单细胞转录组数据分析思路及流程

1. 单细胞高分文章分析思路解析（细胞类群确定、拟时间分析、差异表达、通路富集、转录因子、配体受体互作等）。

2. 单细胞转录组比对、定量、分群及拟时间分析等软件及参数。

3. 单细胞转录组转录因子、功能通路及配体受体互作思路解析。

4. 单细胞组学分析常用数据库介绍及使用。

5. 基因富集分析和可视化。

第二天上午（实操）

8:45-10:30

单细胞数据可视化、细胞分型

1. 10X官方单细胞软件Cellranger讲解及实操。

2. 从基因表达矩阵开始到marker基因筛选全过程讲解及实操。

3. 通过Seurat软件进行PCA及tSNE降维。

10:30-10:45

茶歇

10:45-12:00

单细胞数据marker鉴定及差异分析

4. 单细胞转录组细胞鉴定及聚类分析。

5. 通过Seurat及GSVA等进行单细胞转录组差异分析。

12:00-13:30

午餐及午休

第二天下午（理论+实操）

13:30-15:00

单细胞数据轨迹分析，功能富集

1. 通过Monocle软件进行单细胞转录组拟时间分析。

2. 通过DAVID及metascape网站进行通路富集分析。

3. 单细胞数据分析总结。

15:00-15:15

茶歇

15:15-17:00

单细胞数据挖掘思路及标书构思、准备

1. 归纳总结零成本单细胞数据挖掘思路。

2. 单细胞测序基金申请思路、准备内容及注意事项等。

备注：必须携带电脑，上课主要软件为R和Rstudio，涉及部分Linux系统，讲师会详细带着操作