8:30--9:00

学员报道，领取资料。

9:00--11:30

分子模拟简介：分子模拟方法的选择；

分子动力学理论：模拟框架、积分方法、分子力学、系统、常用软件等。

13:30--17:00

生物分子的结构搭建和三维可视化

GROMACS的编译/Linux基础/作业提交

GROMACS文件类型、参数设置、top文件详解、模拟流程、分析工具

GROMACS实例演示（纯水体系） 

第二天

8:30--11:30   GROMACS上机实践1

溶剂体系

        完成水和有机溶剂（甲醇和环己烷）的参数设置和模拟，进行温度、密度、偶极矩、介电常数、蒸发焓、扩散系数、径向分布、粘度、表面张力、表面势能等计算分析。

          学员在此阶段可学习Amber/Charmm力场参数的构建、标准的分子动力学计算流程、气相和液相体系的模拟设置，以及GROMACS内置的数据分析程序，以及加深对GROMACS文件类型、分子处理、参数设置和关键命令的理解。

13:30--17:00  GROMACS上机实践2

蛋白质/蛋白质-配体复合物体系

        完成蛋白质、蛋白质/配体在水溶液中的模拟计算，分析蛋白质的柔性、二级结构、亲/疏水面积、回旋半径、蛋白质/配体的结合能、距离、氢键、静电和范德华作用等分析，同时尝试对氨基酸进行突变或修饰，并利用Discovery Studio Visualizer制作高质量三维结构图片。

        学员在此阶段可学习GROMACS对蛋白质和配体坐标文件的处理命令，了解软件对混合分子体系（蛋白质/配体/离子/水）的参数设置以及力场文件的修改，掌握GROMACS软件对蛋白质体系的分析程序。

第三天    

8:30--11:30   GROMACS上机实践3

分子对接与GROMACS优化

利用Autodock Vina软件完成蛋白质-配体复合物的对接，并利用GROMACS进行进一步的结构优化和作用机理分析。

     学员在此阶段可学习Autodock Vina刚性和柔性对接的方法，复合物的结构预测及结合能的计算，进一步复习GROMACS软件对蛋白质-配体复合物体系的处理和结果分析。 

GROMACS上机实践4

完成石墨烯、碳纳米管、金属有机骨架材料等体系的力场参数构建和分子模拟。学员在此阶段可学习GROMACS对规则材料和周期性体系的处理。

13:30--17:00       GROMACS上机实践5

膜蛋白体系和双相体系

完成膜蛋白体系（蛋白嵌入磷脂双分子层）和双相体系（甲醇/水、环己烷/水，核酸/环己烷/水）的设置和模拟。

    学员在此阶段可学习GROMACS对膜蛋白体系、混合溶剂体系、核酸体系的处理和构建以及VMD软件对模拟轨迹文件的可视化，复习混合分子体系参数的设置，学习力场参数文件的获取和手动编辑。 

 GROMACS上机实践6

粗粒化分子动力学模拟

 利用Martini力场完成环糊精和膜蛋白的粗粒化参数设置和模拟，比较全原子力场和粗粒化力场的差异和适用范围。加强学员对GROMACS软件适用范围、mdp和top文件类型的编写、系统平衡、时间步长选择、力场参数选择和构建、出错调试等一系列重要问题的认识。

答疑解惑，互相讨论。