建设中国植物园联盟是中国科学院党组按照“引领知识创新、支撑国家发展”的核心理念,在实施创新驱动发展战略中推进协同创新,促进产学研用结合方面的一项重大部署。经过积极酝酿、共同策划,国家林业局、住房和城乡建设部和中国科学院于2012年10月联合印发了《关于加强植物园在野生植物迁地保护中重要作用的指导意见》,明确提出了设立植物园联盟的建议。在此基础上,由中科院植物园工作委员会联合中国植物学会植物园分会、中国公园协会植物园工作委员会、中国野生植物保护协会迁地保护委员会、中国环境科学学会植物环境与多样性专业委员会、中国生物多样性保护与绿色发展基金会植物园工作委员会以及东亚植物园网络等7家机构,提出了成立全国植物园间战略合作组织“中国植物园联盟”的倡议,得到我国许多植物园的积极响应和支持。