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中国微生物学会1958年前是中华全国自然科学专门学会联合会（中国科协前身）的团体会员，1958年全国科联和全国科普合并，改组为中国科协，中国微生物学会即转为中国科协的团体会员，在中国科协的领导下开展工作，挂靠在中国科学院微生物研究所。中国微生物学会（Chinese Society for Microbiology，简称CSM）是由全国微生物学科技工作者和单位自愿组成、中华人民共和国民政部依法登记的全国性、学术性、公益性法人社会团体，是非营利性的社会组织，是发展我国微生物学科事业的社会力量。
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