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上海市临床生物信息研究所的目标为成为国内外临床生物信息学界进行高层次学术交流的窗口和基地；引领临床生物信息学研究和发展，促进疾病特异性临床生物信息学的发展。临床生物信息学是结合海量的生物信息与动态的临床信息，利用生物信息学和生物统计学等信息处理工具和能力，研究和揭示疾病发展和个体化治疗的疾病本质，实现生物信息学与具体医学应用的有效结合。上海市临床生物信息研究所是依托单位为复旦大学和中山医院在复旦大学临床生物信息中心的基础上建立的。服务于上海市临床医学和疾病特异性生物信息学的信息化建设，服务于上海市医学领域的信息化工程建设，并努力积极承担国家科技计划，实现转化。
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