日期

授课题目

授课内容

第

一

天

生物信息学导论

1．生物信息学发展简史（重点讲解） 
2．生物信息学主要研究领域（重点讲解） 
3．生物信息学软件和工具 
4．生物信息学重要会议

生物信息学基础（上机操作）

1、linux基础 
掌握Linux系统下的常用命令(重点)
掌握linux环境下软件的安装使用 
了解shell脚本的编写 
2、perl基础 
介绍Perl 的基本元素 
Perl在生物信息中应用示例(DNA复制、DNA转录、RNA翻译)

第

二

天

二代测序技术原理及基因组拼接

1、介绍目前主流二代测序仪的测序原理 
2、主要操作流程及特点 
3、序列拼接的技术方法 
4、常用软件及全基因组个性化组装的技巧

基因组拼接组装（以细菌/病毒为例）（上机操作）

1、全基因组组装的流程介绍 
2、原始测序数据的预处理 
3、分别介绍Velvet和SOAPdenovo的使用，并以一株细菌的测序数据为例进行组装 
4、介绍Newbler的是使用，并以一个IonTorrent测序的噬菌体数据为例进行组装 
5、以细菌的数据为例,介绍填补gap的方法，包括延伸法，局部拼接法

第

三

天

基因组重测序与数据分析

1、讲解基因组重测序的概念、目的与应用 
2、结合实例讲解其原理、类据类型与格式、操作流程、软件等相关知识

基因组重测序数据分析实例（上机操作）

1、对二代测序数据的解读 
2、数据质量控制及数据过滤 
3、使用BWA和Samtools进行数据比对并对比对结果进行可视化（重点讲解） 
4、寻找SNP和Indel并进行注释（重点讲解） 
5、寻找结构变异并对变异进行注释（重点讲解）

第

四

天

转录组测序与数据分析

1、转录组基本概况和技术发展简介 
2、转录组技术流程及技术细节（重点讲解） 
3、转录组应用案例

转录组数据分析实例（上机操作）

1、转录组数据准备和软件介绍及安装 
2、转录组数据的比对（重点讲解） 
3、表达量估计和分析（重点讲解） 
4、后续功能分析简介

第

五

天

microRNA测序与数据分析

1、microRNA目前的应用、发展历史以及microRNA的定义 
2、microRNA的生物学过程（重点讲解） 
3、microRNA的测序（重点讲解） 
4、microRNA测序数据分析软件（重点讲解） 
5、microRNA目前的挑战以及将来的研究前景 
6、microRNA测序数据分析案例展示（重点讲解） 
7、近期文献

microRNA数据分析实例（上机操作）

1、microRNA测序数据预处理（重点讲解） 
2、测序数据长度分布计算 
3、microRNA的预测（重点讲解） 
4、microRNA碱基偏好性计算 
5、microRNA靶标基因预测，结果提取、统计（重点讲解）

蛋白结构与互作分析

PyMol,Cytoscape